醫療保險支付也是一種較早和更廣泛的支付方式，是醫療保險機構同意按服務項目向醫院支付費用的結算方式，屬于后付費系統。

經醫療保險機構與指定醫療機構協商，確定某指定醫療機構一年（或一季度）預算總額。醫療保險機構在支付指定醫療機構的醫療費用時，無論實際支出多少醫療費用，均以預算的最高限額作為支付限額，強制控制支付，指定醫療機構按照保險合同的約定控制支付。坦率的圍欄內的所有被保險人必須提供規定的醫療服務。

2、按服務單元付費

醫保機構按預先確定的住院床日費用標準支付住院病人每日的費用，按預算規定的每次費用標準支付門診病人費用。同一醫院所有病人的每日住院或每次門診費用支付都是相同、固定的，與每個病人每日或每次治療的實際花費無關。

3、按人頭付費

又稱為平均定額付費，首先由醫療保險機構制定每一門診人次或者每一住院人次的費用償付標準，然后醫療保險機構根據醫院實際提供的服務人次(門診與住院人次)向醫院支付醫療費用。這種付費方式也是屬于預付制的一種，醫院的收入隨著病人數的增加而增加。

4、按病種收費

又稱疾病診斷分類定額預付制度，根據國際疾病分類，住院病人的疾病按診斷情況分為若干組，分別按不同的等級定價。根據這個價格，他們一次性支付給醫院。