電子式國債和憑證式國債存在以下的區別：

1、申請購買手續不同

投資者購買憑證式國債，可持現金直接購買，投資者購買電子式國債，需開立國債賬戶并指定對應的資金賬戶后購買。

2、付息方式不同

憑證式國債為到期一次還本付息，電子式國債付息方式比較多樣，既有按年付息品種，也有利隨本清品種等。

3、發行對象不同

憑證式國債的發行對象主要是個人，機構也可認購；電子記賬式國債的發行對象僅限個人，機構不允許購買或者持有。

4、到期兌付方式不同

在國債利息計付方面，紙質憑證式國債到期后，需投資者前往承銷機構網點辦理兌付事宜，逾期不加計利息。而電子記賬式國債到期后，用戶可通過網銀中的“國債兌付”完成兌付事宜，逾期不加計利息。